Museum si klade za cíl představit dílo v kontextu doby, vysvětlit význam tohoto rozsáhlého díla s ohledem na svou geografickou monotématičnost a systematičnost v časovém rozpětí od 80. let 19. století až do poloviny století dvacátého, díky které byla vytvořena skutečná kronika tohoto tvrdě zkoušeného regionu, který byl po staletí společným domovem Čechů, Rakušanů a Němců. Na pohnutém osudu rodiny Seidlovy je pak možné přiblížit život českých Němců ve složitém období první poloviny 20. století, v době uplatňování tzv. Benešových dekretů, i v dobách komunistického režimu.
Rozsáhlé technické vybavení, které bylo důkladně restaurováno a je tak většinou opět funkční, pomáhá návštěvníkům pochopit procesy výroby klasické fotografie od dob c.K. monarchie až po konec druhé světové války. V rámci expozice je vysvětlen též proces kopírování denním světlem, který byl užíván v dobách, kdy ještě nebyl zaveden elektrický proud. Samotný dům s proskleným ateliérem, který byl původně postaven výhradně pro fotografickou výrobu, ale též účetní a zakázkové knihy či dobová odborná literatura, odhalují leccos o vedení fotografické živnosti již od 80. let 19. století.
Muzeum stále pracuje na dalších projektech a záběr jeho činností je velmi široký, od prohlídek a pestrých programů pro děti i dospělé, workshopy pro studenty a další edukační činnost, přes znovuoživení původní funkce fotoateliéru ve formě fotografování návštěvníků v dobových kostýmech i externích fotokoutků až po publikační činnost a každoroční vydávání kalendáře z fotografií Josefa a Františka Seidela či digitalizaci, úpravy a retuše starých snímků.
Museum Fotoateliér Seidel si též klade za cíl podílet se na prohlubování porozumění a smíření mezi národy Čechů, Rakušanů a Němců. I proto navazuje spolupráci s různými muzei, spolky a organizacemi z šumavského regionu po obou stranách hranice a plánuje společné akce a výstavy.
Muzejní práce nemůže být nikdy konečná. Ač již bylo nemálo odhaleno, mnohé zůstává zahaleno tajemstvím a každé další odhalení přináší další otázky. Dosud nalezené střípky tvoří jen částečný obraz zapomenuté historie a k jejímu důkladnému pochopení je třeba snažit se hledat další fragmenty poztrácené v toku dějin. Možná i Vy znáte příběh, který může pomoci tento obraz dotvořit, budeme rádi, pokud se s námi o něj podělíte.