Asi na jaře roku 1886 se dostal Josef Seidel na Šumavu. Zde se dověděl, že vdova po českokrumlovském fotografovi Gotthardu Zimmerovi hledá vedoucího fotoateliéru. Zřejmě již na podzim téhož roku Josef Seidel v Českém Krumlově pracoval. Po dvou letech fotografický ateliér v zahradě domu v Linecké ulici č.p. 64 převzal jako jeho vedoucí. Kupní smlouvy pak uzavřel s paní Karolinou Zimmer v roce 1900.
Roku 1887 byl Josef Seidel v Prachaticích a tehdy zřejmě pořídil první krajinářské fotografie Šumavy. V roce 1888 se stal vedoucím českokrumlovského fotoateliéru Gottharda Zimmera (1847–1886), který po smrti fotografa vedla jeho manželka Karolina. Po dvou letech fotografický ateliér v zahradě domu v Linecké ulici č.p. 64 převzal.
Všestranný a talentovaný Seidel brzy dosáhl značných úspěchů a věhlasu. Vedle portrétování, jemuž se věnovala většina fotografů, se Seidel soustředil na fotografování krás Šumavy, a to po všechna roční období. Patřil k průkopníkům lyžování a k prvním fotografům, kteří za svými motivy jezdili na lyžích. V létě zase využíval ke svým cestám bicykl a později i motorové kolo. Od roku 1905 začal Seidel ke svým výletům na Šumavu používat motocykl Laurin-Klement (čtyřtakt s 6 FS při 500 ccm), což jeho cestování značně urychlilo.
Roku 1891 začal ve spolupráci se slezským fotografem Adalbertem Rehnertem kopírovat své záběry také na diapozitivy (formátu 8 × 8 cm). Později se diapozitivů, z nichž některé byly mistrně kolorovány, využívalo také k přednáškám.
V téže době vytvořil první panoramatické snímky, kolem roku 1920 např. panorama Šumavy jako leporelo skládající se z 28 záběrů. Na mistrovském záběru z Kleti se mu podařilo zachytit i vzdálené vrcholky Alp, tyčící se za Šumavou.
Seidelovo významné experimentátorské období započalo s užíváním autochromu, první v praxi rozšířené techniky barevné fotografie. Josef Seidel patří k prvním profesionálním fotografům u nás, kteří techniky autochromu použili k vydávání barevných pohlednic, z nichž nejstarší byly možná vydány již roku 1910.
V této době měl již Josef Seidel při svém fotografickém závodě prosperující vydavatelství, které vydávalo v různých formátech jeho fotografie – pohlednice v nákladu od 100 do 1000 ks od jednoho záběru. Největší úspěch měly prý pohledy ze Spičáku a šumavská jezera. Je charakteristické, že do negativu byl často vkopírován i text s popisem námětu a signaturou fotografa.
Roku 1905 byl přestavěn dům s ateliérem, jehož podoba se zachovala do dnešní doby. Dům se tak stal zcela ojedinělou technickou a kulturní památkou. Přístavba domu byla možná dárkem ke sňatku, k němuž se Josef Seidel rozhodl v poměrně pozdním věku.
Dne 21. května 1908 se narodil syn František, jemuž bylo souzeno pokračovat v otcových stopách. Jako sedmadvacetiletý převzal po smrti svého otce Josefa (21. října 1935) zavedený solidní závod. Prosperující firma měla v té době 11 zaměstnanců a byla rozdělena do tří oddělení - portrétní, amatérské a pohlednicové. František vedl živnost do roku 1949, kdy byla komunisty zrušena a část archivu negativů zabavena tehdejším Ministerstvem informací a osvěty. Seidelovy pohlednice s krajinnými motivy pak v 50. letech vydávalo státní nakladatelství Orbis.
František Seidel nadále pokračoval v práci jako fotograf v komunálním podniku. Od chvíle, kdy musel rodinný ateliér zavřít, se jej až do své smrti nedotkl a pouze pro své soukromé účely používal fotokomoru. Jeho životní osud byl velmi pohnutý – za války prodělal roční věznění fašisty, po válce zažil odsun svého bratra a snoubenky do Německa (čeští Němci), následovala komunistická perzekuce… Jeho snoubenka se mohla vrátit zpátky do Čech až po složitých jednáních v polovině 50. let, a to již bylo pozdě, aby spolu mohli mít děti. František Seidel zemřel 7. ledna 1997.
Josef a František Seidel zanechali obsahem i rozsahem zcela mimořádné dílo podrobně zachycující jihovýchodní část Šumavy. Dochovaný archiv snímků poskytuje jedinečný materiál pro studium kulturní historie a připomíná pohnuté období 1. pol. 20. století včetně problematické česko – německé otázky.
Jejich námětový rejstřík byl velmi široký: sahal od ateliérových portrétů a snímků skupin až po zachycení různých postav a typů Pošumaví. Krajinářské snímky doplňovaly snímky architektury včetně interiérů, snímky z pracovního prostředí a záběry z nejrůznějších slavností včetně známých Pašijových her v Hořicích. Snímky poskytují detailní fotodokumentaci měst včetně jednotlivých ulic a náměstí, vesnic, kostelů aj. památek, přírody a krajiny. Podařilo se na nich zachytit celou řadu obtížně přístupných, dnes mnohdy již zaniklých míst. Žánrově obrázky vedly až k postižení každodennosti, všedních chvil života a práce i rekreace a sportu.
Lze říci, že Seidel se stal nejvěrnějším obrazovým kronikářem Šumavy. Rozsah díla vedl k četnému využívání snímků v časopisech i knihách, jejichž výčet by byl vskutku obsáhlý. Představit starou Šumavu na fotografiích bez Seidelových záběrů by bylo nemožné.
Seidelovy fotografie jsou výjimečné svou geografickou monotematičností. Šumavu a Pošumaví však představují ve vzácné celistvosti a rozmanitosti. Tím je Seidelovo dílo těžko srovnatelné s dílem jiného profesionálního fotografa v Čechách v tomto období. Především tato skutečnost staví Josefa Seidela mezi nejvýznačnější fotografy své doby.